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ImageJ 入门
by tree_cmu 2011-10-20
1 Image J 是什么？
ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。其基于java的特点， 使得它编写的程序能以applet等方式分发。
ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片， 支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计， 间距，角度计算， 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。[1]
2 ImageJ可以做什么？
概括一下，主要分为以下几个方面：
A) 图像的区域和像素统计（大小）。长度，角度。 阳性点密度和数量 B) 光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。
C) 两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子
http://doc.xuehai.net/bbs/thread/18145886?keywords=image%20J#18145886） D) 卷积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用） E) 更多功能
3 Image 界面[2]
界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。
菜单栏
菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。 文件和office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。
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