甘蔗EST序列的SSR信息分析
第31卷第9期
热带作物学报
CHINESEJOURNALOFTROPICALCROPS
Vol.31No.9Sep.2010
2010年9月
甘蔗EST序列的SSR信息分析
闫学兵1,阙友雄1,许莉萍1*,郭晋隆1,陈如凯1,潘永保2
1农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,中国福州2美国农业部甘蔗研究所,美国路州,70360
摘要
从NCBI公共数据库获得262113条甘蔗EST,通过前处理和聚类拼接得到全长为50058.89kb的无冗余
350002
Unigene62565条。在这些序列中搜索出9482个SSRs,出现频率是15.15%;平均5.28kb出现1个SSR。三核
苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的45.92%。CT和CGC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的21.22%和8.18%。此外还对筛选出的SSR进行多态性预测,得到了长度在20bp以上的低级基元一、二、三核苷酸EST-SSR共1405条,占长度20bp以上的SSR总数的59.16%。结果为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础。关键词
甘蔗;表达序列标签;简单重复序列;特性
doi10.3969/j.issn.1000-2561.2010.09.012
S566.102
中图分类号
简单重复序列(Simplesequencerepeats,SSRs),又叫微卫星(Microsatellites)标记。与其它分子标记技术相比,SSR标记是一种共显性遗传标记、多态信息含量高,同时还具有特异性强、重复性好等特点[1],自20世纪90年代以来已经被遗传学家广泛应用。目前,SSR标记已经在基因组作图、种质资源遗传多样性分析、构建指纹图谱、品种鉴定和基因诊断等研究领域显示出较大的应用潜力[2]。根据序列性质不同,SSR标记主要分为基因组SSR(GenomicSSR,gSSR)和表达序列标签SSR(ExpressedsequencetagSSR,EST-
SSR)两种。与gSSR标记相比,从EST数据库中获得SSR以建立EST-SSR标记要经济得多,并且EST-SSR标记源于基因的转录区,与目标基因功能之间的关联较密切,因此,比gSSR标记具有更高通用性[3]。
同时,生物学技术的发展和实验成本的降低以及公共数据库EST数量的增加,为EST-SSR的开发提供了丰富和极有价值的可利用资源。基于NCBI数据库中甘蔗EST-SSR的信息分析在国内外尚未见相关报道。本文利用NCBI公布的甘蔗EST数据,筛查SSR重复序列,为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关的分子生物学研究奠定基础。
1
1.11.2
材料与方法
甘蔗EST来源
甘蔗EST来自NCBI的dbEST数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/),共计262113条。
EST前处理
用Cross_match(http://doc.xuehai.net/phredphrapconsed.html#block_phrap)屏蔽序列中的载体序列;Blast
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)比对污染序列数据库去除序列中的污染序列;再用repeatemasker(http://doc.xuehai.net)屏蔽序列中的重复序列;EST-trimmer(http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/down-
基金资助:现代农业产业技术体系建设专项资金(No.nycytx-024),国家948项目(2010-C21)资助。第一作者简介:闫学兵,男,在读硕士。研究方向:生物信息学。E-mail:yanxuebingok@http://doc.xuehai.net。
*通讯作者,许莉萍,博士,研究员。研究方向:作物病害与分子育种。E-mail:xlpmail@http://doc.xuehai.net。收稿日期:2010-05-12修回日期:2010-09-14
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